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... sin entender ni el propósito, ni el problema, ni la solución

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- Código HTML es texto y no más. Si quieres guardarlo en una BD ocupa un campo para guardar texto, solo pon atención en que, seguramente, necesitarás escapar caracteres especiales (comillas), para eso tienes funciones tanto de MySQL como de PHP.
- Guardar
archivos (sin importar el tipo) en binario, en un campo tipo BLOB, solo es tener un registro más... y es ahí donde guardas el archivo, en la Base de Datos, no en un directorio físicamente. Hay un tutorial de Cluster en este foro, más enfocado a imágenes pero igual aplica en tu caso; repito: no importa el tipo, estas guardando un archivo. Quizá puedas darle un vistazo.
- El si es mejor guardar un archivo en una BD o físicamente en un directorio (QUE NO ES LO MISMO) depende de la aplicación, de cada cuando va a "mostrarse" ese fichero, del tipo del mismo, de la portabilidad de la aplicación. Para ello debes explicar la situación.
- El código JavaScript que dejas en tu segundo mensaje, debes testearlo en diferentes navegadores y SOs... aunque supongo ya estará descartado completamente.
- En tu código aparentemente haces dos cosas: 1.- Borrar un registro, entendiendo el fichero esta almacenado ahí; 2.- Eliminar un archivo... ¿¿??. Quizá estas guardando información doble o haciendo algo que es innecesario... procura explicar bien las condiciones en que estas.
- Aclara en qué condiciones interviene el formulario que eso no quedó claro desde el principio...
Eso... explica bien el propósito, recuerda que PHP genera HTML, igual y es innecesario guardar una archivo HTML pudiendo guardar solo cierta información específica.
Dejo el tema aquí ya que sí tiene que ver PHP. Ve en el foro de BDs, hay un tema indicando el propósito de aquel foro... es fácil revolver las cosas

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Saluton