Sí se pueden "incrustar" imágenes dentro de un archivo MP3, es lo que se llama idtag. Los tag pueden incluir el título de la canción, autor, año, etc... y también una imagen.
Si quieres hacerlo manualmente necesitas un editor de idtag. Yo uso JetAudio (reproductor, conversor, grabador, etc... todo en un mismo programa

). Una vez instalado, haces clic con el botón derecho del ratón sobre el MP3, eliges el menú JetAudio, y la opción Edit Tag. Se abre una ventana y ahí tienes el editor de tags para hacerle lo que quieras.
Espero que te sirva