Para algunos será obvio, pero yo he tardado un rato en darme cuenta de que estos dos 'amiguetes' no se llevan bien. Como he buscado en el foro y no he visto a nadie hablar del tema lo hago yo.
La url del script que procesa la petición AJAX (segundo parametro del método open del objeto AJAX) no puede estar sujeta a cambios con el mod_rewrite.
Un saludo