Con un select múltiple se enviarán varios datos, es por ello que como name debe tener una matriz y con PHP la recuperas como cualquier matríz. Puedes valerte de foreach().
Código HTML:
<select name='informe[]' size='10' multiple>
No entiendo lo que describes al inicio... y tu código es un tanto confuso. Mira tu código fuente resultante y comprueba es el resultado que quieres obtener (lo digo porque en cada bucle creas la etiqueta <script> y un nuevo objeto JS). JavaScript es independiente de PHP y esta antes de... si separaras las cosas se entendería mejor.
Espero haber orientádote en algo. Suerte
