Aaaaysss, que creo que has dado en el clavo... mea culpa, pq seguramente debería explicarme mejor.
Verás... la ventana principal está en un entorno X detrás de un proxy, y el popup que se lanza està en un dominio Y.
Buscando por internet el error que me daba en IE (Permission denied), había visto que podía ser por lo mismo que has dicho tú.... ahora bien...
como sería posible arreglar esto??? y como es que la primera vez que se clicka en un link no da error???
Thanks again!!!