Ante todo gracias
Un poco lioso si que es

... puede ser entonces que el error que me da tanto en Firefox como en IE

, sea debido a que cuando se carga una vez el link de
Código PHP:
top.opener.top.frames['Inferior'].frames['Menu'].Operativa(variable);
para una segunda vez, ha perdido la referencia del "tio" (es decir de la ventana que abrió mi popup??)
Muchas graciasssssss