Eso no funcionó, igualmente gracias!
Tuve que agregar un comentario a la primer linea duplicada, para luego recorrer el archivo y quitar la linea no desea del output para guardar el resultado en un archivo, es una forma media "sucia" de hacerlo, pero logré lo que quería:  
Código:
 cat $ARCHIVO | egrep -v "linea no deseada" > $ARCHIVO.cambiado
  salu2!