... y con qué SO estás trabajando?. Hasta donde sé "incluso Windows" (ja! sin intención de que se "escuche así") tiene un cliente FTP que se maneja desde la línea de comándos, entonces podrías programarlo con el administrador de tareas... o CONJOB si usas Linux...
Entonces dudo necesites "un software" --más-- pero debes especificar...
Saluton