Buenas noches
ArdiIIa
Este tema es peliagudo... a ver por donde empezamos:
La causa de que el Flash quede por encima de tu capa o cualquier otro elemento HTML, no es devido a los zIndez, sino a la característica innata del propio Flash como componente de Windows.
Esto también pasa con las capas y los elementos de formulario (prueba a poner una capa encima de un select, verás lo que pasa

)
Esto, lo arreglé (no se si de una forma especialmente correcta o profesional).
Puedes mirar este post
http://www.forosdelweb.com/f13/importante-solucionado-formularios-capas-340508/, y verás lo que planteé.
Como podras ver, plantearon ponerlo en las FAQS, y también está allí
http://www.forosdelweb.com/showthrea...01#post1295901
Mira a ver si esto te es útil, dado que para los Flash, también es útil.
Un saludo.