Te recomiendo
htmlentities y te olvidás para siempre esos problemas.
Código PHP:
$texto_sin_comillas = htmlentities($texto_con_posibles_comillas);
Y si quieres dejar exactamente el mismo valor que estaba utiliza lo siguiente:
Código PHP:
$texto_con_comillas = str_replace("'", "\'", $texto_con_posibles_comillas);
$texto_con_comillas = str_replace('"', '\"', $texto_con_comillas);
Espero que haya sido de utilidad...