Te conviene hacerte un case en el select y setear un campo "virtual" para luego ordenar por este, ej simple:
Código PHP:
$sql = "
Select
codigo
(CASE codigo
WHEN 'MC' THEN 1
WHEN 'PR' THEN 2
WHEN 'IT' THEN 3
WHEN 'FO' THEN 4
ELSE 0 END) orden
from
tabla
order by
orden
";
PD:
mauled, lo que vos decís no es correcto te dara:
FO
IT
MC
PR