pues podrías usar unset() para las que no quieras....
o usar return $variable en el archivo incluido, a la vez que hacés
$var = include('archivo');
El problema es que el código incluido pertenece al mismo ámbito que el resto, a menos que esté en una función por ejemplo
Leete
http://www.php.net/manual/es/languag...bles.scope.php
Saludos.