Quiero decir que si lo que tienes que hacer es "replicar" la estructura exacta de la BDD en documentos XML o lo que has de devolver en XML son consultas, tablas parciales, etc.
En el primer caso, lo suyo es buscar alguna herramienta que te haga una especie de "export" directo de la BDD a XML.
En el otro caso, habria que montar una aplicacion donde poder programar esas consultas etc.
Dale más "el coñazo" a tu tutor para conseguir refinar los requerimientos al máximo, es una de las partes mas importantes de un proyecto. No es lo mismo si tienes que poder portar la BDD a otros tipos de BDD o sabes que siempre será MySQL, si solo sera una vez o es periódico... hay un mundo de diferencia entre hacer una u otra cosa.
Algunas utilidades que quiza te sirvan:
http://scriptella.javaforge.com/ http://db.apache.org/ddlutils/