Uhm...a ver...a ver.....
Teóricamente, para tu procesador deberías usar como flags del gcc lo siguiente:
CFLAGS="-march=pentuim4 -02 -pipe" y si quieres podrías agregar '-formit-frame-pointer'
CXXFLAGS="${CFLAGS}"
Ahora bien, iendo a tus preguntas...
Cita: Esta bastante más acelerado, eso conlleva algun daño o problema a futuro?
Podría.....y ahí una de las caracterísiticas de la optimización -03, es para aquellos que les guste ensuciarle las manos. No con esto digo que la quites, solo contesto a tu pregunta al decir que si podría traer problemas a futuro al compilar uno que otro programa, los binarios resultantes suelen ser mas grandes por lo que usan mayor cantidad de RAM, caché y tiempo de respuesta de disco entre otras cosas...
Cita: debo compilar el kernel denuevo despues de ese cambio?
No es enteramente necesario, el kernel viene compilado en -02 normalmente, pero el kernel trabaja por su lado y las aplicaciones por otro, la optimización que haría -03 para el kernel (si no lo rompe en el intento) sería poco perceptible, generaría un kernel de mayor tamaño, por ende mas lento, podrías modularizar mas el kernel para que el tamaño no te afecte, pero es cosa de fallo y error.
Resumiendo, si el sistema te trabaja bien con los cambios que hiciste, pues chévere, sigue probando a ver, se se se ..... está el dicho de "lo que no está roto no lo repares" pero vamos.....alguien tiene que aventurarse a probar no ;)
Salu2