Una solucion es que a los checkboxes los pongas en un array, es decir, que todos tengan el mismo nombre junto a un [], mas o menos así:
Código:
<input type="checkbox" name="alumno[]" value="valor1">Alumno1
<input type="checkbox" name="alumno[]" value="valor2">Alumno2
<input type="checkbox" name="alumno[]" value="valor3">Alumno3
<input type="checkbox" name="alumno[]" value="valor4">Alumno4
y al mandar el formulario solo recorras el arreglo para ver que valores estan presentes y cuales no.
Saludos