La versión del TMPGEnc DVD Author que tengo es la 1.6, no sé si tú tendrás la 2
Te lo comento para la 1.6
http://www.subir-imagenes.com/subir_...f3bacc1708.png
Donde dice Add new track vas añadiendo diferentes tracks, uno para cada vídeo. En cada track metes sólo un vídeo. Así en el menú te saldrán los dos vídeos ya que TMPGEnc DVD Author sólo pone un elemento de menú por cada track.