Te recomiendo que lo hagas de esta manera pues los scripts se insertaran en el lugar adecuado en la página, no antes del tag <HTML>
Código:
Page.ClientScript.RegisterStartupScript(this.getType(),"MiScript",
@"<script type='text/javascript'>
parent.frames['main'].location='nombre del aspx'
</script>");
usando la "@" resulta más facil por que podes colocar multiples lineas de texto y es mas legible. Te dire que 'runat="server"' es innecesario por que estas generando un script para el cliente y ese texto solo lo lee .net cuando compila la página, entonces es un error colocarlo para el lado del cliente.
=)