Pues así es

eso de cortar cuadro a cuadro

no me lo quiero imaginar
En el mismo Premiere puedes ajustar el tamaño del video para que llene la pantalla... Digamos que si tu proyecto es de 720x480 y metes un video de 320x240, obviamente se va a ver más chico y se vana ver franjas negras a los lados, esto lo resuelves agrandando el video... En las opciones de transformación puedes mover esos valores y eliminas las líneas negras