Hola,
¿Estás teniendo realmente algún problema o solamente estás preocupado por esas advertencias?
Para el caso de los errores relacionados con "Missing/Stealth nameservers" lo puedes solucionar fácilmente editando la zona DNS de cada uno de esos dominios desde WHM, de manera que los DNS que allí aparezcan sean los mismos que tiene asignado el dominio realmente.
Saludos.
