Para evitar el problema de que tu menú principal desaparezca, simplemente elimina la tabla que contiene el menú, es decir, saca el menú de la tabla en la que está en la celda central. Creo que en realidad no la necesitas. Podrías reemplazar:
Código:
<span>
<div class="pill_l">
<div class="pill_r">
<div class="pill_m">
<div id="pillmenu">
<table width="100%" border="0" cellpadding="0" cellspacing="1">
<tr>
<td nowrap="nowrap"><a href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_frontpage&Itemid=1" class="mainlevel-nav" >Principal</a>
<a href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_contact&Itemid=3" class="mainlevel-nav" >Preguntas Frecuentes</a>
<a href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_content&task=section&id=1&Itemid=2" class="mainlevel-nav" >Guía del Portal</a>
<a href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_weblinks&Itemid=23" class="mainlevel-nav" >Requerimientos Técnicos</a>
<a href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_contact&Itemid=26" class="mainlevel-nav" >Contacto</a>
<a href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_content&task=blogcategory&id=3&Itemid=27" class="mainlevel-nav" >Glosario</a>
<a href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_samsitemap&Itemid=42" class="mainlevel-nav" >Mapa del Sitio</a>
</td>
</tr>
</table>
</div>
</div>
</div>
</div>
</span>
Por esto otro:
Código:
<span>
<div class="pill_l">
<div class="pill_r">
<div class="pill_m">
<div id="pillmenu"><a href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_frontpage&Itemid=1"
class="mainlevel-nav">Principal</a><a
href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_contact&Itemid=3"
class="mainlevel-nav">Preguntas Frecuentes</a><a
href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_content&task=section&id=1&Itemid=2"
class="mainlevel-nav">Guía del Portal</a><a
href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_weblinks&Itemid=23"
class="mainlevel-nav">Requerimientos Técnicos</a><a
href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_contact&Itemid=26"
class="mainlevel-nav">Contacto</a><a
href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_content&task=blogcategory&id=3&Itemid=27"
class="mainlevel-nav">Glosario</a><a
href="http://produccion.ilce.edu.mx/portal2/index.php?option=com_samsitemap&Itemid=42"
class="mainlevel-nav">Mapa del Sitio</a>
</div>
</div>
</div>
</div>
</span>
Y al menos ese problema está eliminado.