Pues, igual te dirán lo mismo en el foro de Flash... Creo que hace un año más o menos se tocó ese tema y efectivamente, Flash comprime mejor los wav que los mp3... son preguntas comunes en ese foro: ¿Por qué pasa esto con un mp3 y un wav?
Técnicamente no se, pero parece que comprime mejor un wav a mp3 que de un mp3 a mp3, haz la prueba y verás, el archivo final va a quedar más chico si lo comprimes de un wav. Lo único que aumenta es el archivo de trabajo.