Synaptic, Adept, aptitude y el mismo apt son simplemente "capas" que actúan sobre el sistema de paquetes de tu distribución, en tu caso, el sistema DEB. La diferencia es que DEB "a secas" no es capaz de resolver dependencias, mientras que apt y compañía pueden conectarse a repositorios y descargar tanto un paquete como sus dependencias. Pero a fin de cuentas, todo el trabajo real lo está haciendo el sistema DEB.
En otras palabras, para el sistema es lo mismo instalar paquetes desde Synaptic o directamente con "dpkg -i paquete.deb". Obviamente, para el usuario es mucho más cómodo usar una herramienta gráfica y automatizada como Synaptic o Adept
.
Más info en
mi manual (próximamente disponible en
Zona Tux, gracias a AleSanchez).