Que raro, posiblemente cosas del cache del navegador o por que posiblemente omitiste la propiedad value de la etiqueta checkbox, ya que con que hicieras un isset te debio de funcionar debido a que php crea la variable dentro del arreglo POST si el campo correspondiente en la forma fue enviado, cosa que al menos en el Explorer y en el Mozilla no sucede si el checkbox no es seleccionado y para una prueba con proposito cultural, prueba el siguiente codigo:
prueba.htm
Código:
<form action="prueba.php" method="post" enctype="application/x-www-form-urlencoded" name="form1">
<input name="t001" type="checkbox" id="t001" value="uno">
<input name="t002" type="checkbox" id="t002" value="dos">
<input name="t003" type="checkbox" id="t003" value="tres">
<input type="submit" name="Submit" value="Submit">
</form>
Código PHP:
print_r($_POST); echo "\n<br/>";
if(isset($_POST['t1'])){
echo "checkbox t1 seleccionado <br/>\n";
}
if(isset($_POST['t2'])){
echo "checkbox t2 seleccionado <br/>\n";
}
if(isset($_POST['t3'])){
echo "checkbox t3 seleccionado <br/>\n";
}
como puedes ver tambien use una convinacion alfanumerica para la eleccion de los nombres.
Como practica comun usa la funcion print_r para que puedas ver el contenido de los arreglos $_* en php.