Cita: si pongo localhost://loquesea no funciona
Eso no es correcto, creo que tendrías que poner algo como
http://localhost/carpeta_del_js/archivo.js
Esa es la forma correcta de las URL bajo el servidor localhost.
De todas formas tu problema dudo que sea de apache, yo tengo el apache con la configuración "de fábrica" (salvo las modificaciones para instalar php) y sí funcionan los js.
