Yo te recomendaría usar el Virtualdubmod para esto
Te dejo un manual que te ayudará a ver los pasos a seguir:
www.mundodivx.com/subtitulos/avi.php
La diferencia está en los filtros a usar, pues ese manual está pensado para pegar subtitulos y obviamente no es tu caso. En él se mencionan los filtros resize y subtitler, pero en tu caso tienes que usar sólo el filtro null transform. Tras añadir este filtro, en el botón "cropping" que verás puedes recortar la imagen a tu gusto, pero siempre con cuidado de hacerlo en múltiplos de 8. El resto es igual que en el manual...
Ah, y no se te olvide de que tiene una segunda página, pq en esa segunda página se explica cómo recomprimir el vídeo (es necesario para lo que tú quieres), si no lo haces te puede salir un archivo de varias decenas de GB
Hay veces que la gente no se da cuenta de ello
Un saludo
