Intenta cerrar el iExplorer y abrir de nuevo en vez de refrescarlo, comigo resulta pues el iE esta configurado para buscar la ultima version de la pagina (sino, un consejo seria ires a las configuraciones del ie y mudar eso :)) . Con swf's tu problema ocurre tambien (creo) con todos. Solo limpiando el cache esto no sucede. a no ser que tu servidor ISP tambien guarde cache (suele ocurrir). Lo que acostumbro hacer, envio el swf para el servidor pero con otro nombre y actualizo el HTML, asi da siempre