Pues, así para almacenar solamente sin perder tanta calidad, te sirve el mpg-2con unos 5000 de bitrate (en el TMPGEnc te pregunta eso), pero advirtiendo que luego para editar no va a ser tan fluido como con un avi... si solo es almacenar con buena calidad inclusive recomendaría pasarlos a wmv por la relación peso/calidad...
La pregunta es qué vas a hacer con esos videos después??? solo verlos en la compu, pasarlos a DVD, a VCD, editarlos... depende mucho de eso la solución más acertada.