cada vez que el usuario se mueva en la web deberas poner el valor de time(); en el campo de la tabla que quieras llevar ese control, entonces al momento que quieras sabier los usuarios activos, fijas un limite por ejemplo 5' entonces te fijas todos los usuarios cuyo campo no supere la diferencia de 5' con el tiempo actual al momento de ver quienes estan activos obvio, asi funciona ese tema. la calve es el tiempo limite que fijes, generalmente se usa 5'
Saludos