Haber si te puedo orientar aunque no tengo muy claro lo que quieres hacer.
Código PHP:
for($i =1; $i<=$numpr; $i++)
{
$temp=0; // Añadimos una variable temporal a 0;
for($a = 1; $a<=numerpr; $a++)
{
if(vectorA[$i] == vector[$a])
{
//si encuentra alguno igual siga normal;
$temp=1; // Lo ha encontrado
$a=numerpr; // Ya que lo ha encontrado salimos de aqui.
}
// Aqui no haces nada
}
//Si ha pasado por el for anterior y no lo ha
//encontrado añadimos el valor a la tabla.
if ($temp=="0")
{
//Tu sentencia INSERT.
//El valor sigue estando en $i
}
}
Saludos!!