Hola:
La ruta actual es en la que se está ejecutando el programa y no tiene porque ser el sitio donde tengas los jar o los class. Me explico, si pones
set CLASSPATH=c:\ruta_de_mis_class
cd c:\otro_sitio
java MiClase
ambas cosas son distintas. Con
System.getProperty("user.dir");
obtienes la ruta actual que es c:\otro_sitio
Con la clase
System.getProperties() puedes ver qué cosas de este estilo puedes saber.
Se bueno.