Si puedes ponerle clave de la siguiente forma que yo conozco:
1- si quieres proteger la carpeta para que otros usuarios no tengan acceso, revisa las opciones de seguridad en la pestaña de seguridad, dando clic en propiedades de la carpeta que quieres proteger.
2- Si es para un único usuario, puedes descargar un programa llamado Folder lock, sirve para eso bloquear y te pide clave para accesar a cualquier archivo, en tu caso carpetas, asi mismo hay muchos programas para bloquear, proteger carpetas...
salu2