Prueba algo así en el .htaccess usando mod_rewrite:
RewriteEngine on # Activa el mod_rewrite
RewriteCond %{HTTP_REFERER} ^$
RewriteRule .*\.(js)$
http://www.tuservidor.com/nomerobeslosjs.gif [R,NC,L]
Aunque no sé si funcionará pq el js puede quedar guardado en la caché del navegador y tomarlo desde ahí... también comprueba que la página siga funcionando bien.
