Cita:
Iniciado por EgEm 
pero el problema, es que se quedaron muchas conexiones persistentes varadas
Hola,
Supongo que estás absolutamente seguro que se trata de conexiones persistentes aún activas, o "varadas", como dices.
Y supongo que ya seguiste algunos pasos básicos, como detener el servidor MySQL y matar todos los procesos, desde la consola de comandos (supongo que tienes acceso root).
Si no es como supongo, entonces puedes intentar precisamente esos pasos:
Detener MySQL, usando un comando similar a: service mysqld stop
Matar todas las conexiones/procesos usando un comando similar a: killall -9 mysqld
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Antes de hacer eso, podrías revisar cuál es el límite de conexiones MySQL que tienes establecidas en el archivo de configuración my.cnf
Yo sospecho que lo que ocurre es sencillamente que las conexiones simultáneas han llegado al límite establecido y entonces al no poder atender más peticiones, se generan esos errores.
Para saber qué valor tienes establecido para max_connections, puedes buscar en my.cnf o ejecutar este comando:
mysqladmin -p variables|grep max_connections
(desde la consola de comandos, con usuario root e introduciendo la clave root de MySQL cuando te la pidan)
Y luego puedes ejecutar este comando:
mysqladmin -p extended-status|grep Max_used (o Max_used_connections)
Esto te dirá cuántas conexiones se han llegado a usar de manera simultánea.
Si el resultado de ambos números es igual, entonces es lo que acabo de decirte, acerca de mis sospechas.
Podrías entonces aumentar ese límite, pero corres el riesgo de que tu VPS se vuelva más lento e incluso colapse.
Podrías intentar optimizar MySQL, para obtener un mejor rendimiento.
O podrías aumentar los recursos de tu VPS (con tu actual proveedor o moviendo tu sitio hacia otro proveedor) o migrar tu sitio hacia un dedicado, que sí soporte esa carga de trabajo.
Saludos.
