Así:
Código PHP:
<base href="http://<?=$_SERVER['SERVER_NAME'] ?>/aplicacion">
Tomará automaticamente el nombre del host.
Pero si no funciona me parece que tienes que cambiar el htaccess y dejarlo asi:
RewriteRule aplicacion/comentarios/pag(.*) index.php?mod=comentarios&_pagi_pg=$1
RewriteRule aplicacion/comentarios index.php?mod=comentarios
RewriteRule aplicacion/portada index.php?mod=portada
Ya que como lo tienes actualmente supones que index.php está dentro del directorio aplicacion y creo que no es así ¿cierto?