Hola
Me funcionó simplemente activando el mod_rewrite.so y poniendo el directory como sigue (básicamente poniendo AllowOverride All)
Código:
<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride All
Order deny,allow
Allow from all
Satisfy all
</Directory>
Sobre los link, puedes hacerlos también así y es independiente del nombre del host:
Código:
<a href="/aplicacion/portada">
Es decir empezando por / y luego poniendo la ruta que quieras mostrar. La / al principio significa que lo que viene después se busca a partir de la carpeta raiz de tu servidor.