No tengo muy claro cual es tu problema. Creo qu te refieres a que aunque las capas esten dentro de esa "madre" centrada, no se posicionan en relacion a ella, ¿es asi? En tal caso (y siempre que otros de los gurus no me corrijan a collejas virtuales) creo que la movida va porq la capa "madre" esta posicionada relativamente, y las capas no la reconoces como origen.
Creo qeu el tema va por ahi. Espero no equivocarme y liarte aun mas