Hola,
Google prefiere prevenir que lamentar y tiene una serie chequeos que pueden hacer que te saquen de sus índices temporalmente. El más común es cuando te empeñas demasiado en una labor de SEO y consigues demasiados enlaces en poco tiempo. Google se da cuenta de esto y te saca de su índice porque lo que ellos buscan es que los sitios se desarrollen “normalmente”.
Otra causa pueden ser los enlaces de salida de tu sitio. Si tienes enlaces de salida hacia sitios dudosos o “malos vecindarios” como ellos les llaman, se asume que tu sitio es de mala calidad también y es posible que te penalicen con bajo ranking o hasta te saquen de sus índices.
Para más sobre enlaces de salida:
Enlaces de Salida
De esta misma forma el problema puede haber sido causado por algún otro motivo, pero estos son los más comunes.
Saludos,
Jose.