Mira yo el PHP que probe cuando me salio el warning ese fue asi:
   Código PHP:
    <?
    function BorrarDirectorio(){
        $direc = ".\directorio";
        chdir($direc);
        $dir = opendir("."); 
        while($arch = readdir($dir))
        {
                if(!file_exists($arch))
                {
                    chdir("..");
                }elseif(file_exists($arch))
                {
                    if(is_dir($arch))
                    {
                        if(filesize($arch) == 0)
                        rmdir($arch);
                        }else{
                        chdir("." . "\\" . $arch);
                        }
                }else{
                    unlink($arch);
                }
                }
        }
    BorrarDirectorio();
?>    
  El tema igual si te funciona es que si la carpeta tiene otra carpeta adentro sin contenido ninguna de las dos no las elimina porque dice que si pesa 0 bytes (No tiene ningun archivo) lo elimine, pero si tiene otra carpeta no se podria... 
Buen no se fijate.