Urgido, segun entiendo no dice tener problemas para borrar, sino que no sabe donde poner el unlink, que con la consulta solo le borra la fila de la BBDD, entonces lo que debe hacer es primero guardar el nombre del archivo y despues eliminar todo, la fila de la BBDD y el archivo del directorio(en el orden que quiera), despues si resulta que no le borra, es entonces cuando deberia de revisar lo de los permisos, tal y como tu indicas

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Pero bueno, eso es el quien lo sabe.
Saludos.