Hola:
No conozco netbeans, pero lo habitual en un IDE es que haya algún sitio donde le dices cual es la clase principal y que la meta en el fichero de manifiesto automáticamente.
De forma standard no puedes meter un jar dentro de otros jar, luego no funciona.
Una forma de hacerlo es desempaquetar los .class de los otros jar junto con los tuyos y luego empaquetarlo todo junto. Solo tienes un jar, pero más grande.
Otra forma es usar cosas como
one-jar, que es una librería adicional que permite meter otros jar dentro de un jar.
Se bueno.