Hola josvelsac, bienvenido al foro
Puedes intentar dos, una es codificar el audio de los mpg-1 a otra velocidad de muestreo y probar, o codificar a esos otros formatos que si te importan el audio.
Recomiendo el TMPGEnc por ser una herramienta muy buena a la hora de codificar, prueba alguna de esas, o reinstala el soft, o algo por el estilo