Identificador unico de tabla

[ranma05]

Salud@s,
Mi problema es el siguiente, en la actualidad estoy realizando un proyecto para la implantación de un ERP en un distribuidor de componentes electrónicos, el caso es que yo me he incorporado cuando el diseño de bb.dd. ya estaba hecho. El caso es que todas las tablas dependen de dos (código y empresa), ambos varchar2, campos que funcionan como índices que se propagan por absolutamente todas las tablas del modelo de datos.
El problema es que es una aplicación multi-empresa, luego la empresa y el código han de ir siempre unidos. Cuando hablo de este código me refiero a un código que hay que mantener por que se trata de un traspaso de una aplicación realizada en Pick y de cuyo código dependen los usuarios por que ya están acostumbrados a ellos. La idea sería utilizar uno interno, que sea único y que identifique éste a la tabla en sus relaciones
Mi cuestión es la siguiente:
¿No sería mejor utilizar una única clave autogenerada, que funcione como índice interno y evitar así tener que utilzar dos claves por cada tabla con la consecuente complejidad de las sentencias que se generen desde la aplicación?
Por favor, ayudenme con enlaces e ideas para poder demostrar esta teoría a los responsables de mi empresa, que no están acostumbrados a trabajar con bb.dd. relacionales.