Nunca lo he hecho con éxito, pero puedes intentar exportar como película .mov y ajustar el codec para que mantenga el canal alfa...
Y no he probado, pero el Premiere acepta archivos .swf, pero no se si te respete la transparencia y la calidad ya que debe rasterizar la imagen y puede quedar con muy baja calidad...
Te recomiendo, si vas a hacer cortinillas, usar el After Effects o el Combustion, en realidad parece complicado pero trabaja mejor que Flash (que me oigan
) pero sin action script
