Primeramente te paso un enlace que me ha sido realmente útil, pero no te da combinaciones automáticamente, aquí está:
Visibone Color Lab
Y quise hallar un programa en específico, pero sinceramente creo que fue infructuoso, lo único que si noté es que hay buenos enlaces, con suerte alguno te dirije a un software especializado en lo que requieres.
Googleando - Color Palette for Web