Programacion modular!

[zvnko]

Hola!
Espero puedan ayudarme,tengo conocimientos basicos en php.
Antes realizaba paginas web con phpnuke, y simplemente agregaba una carpeta y creaba el index de cada modulo.

Ahora me he dado a la tarea de querer hacer una web a mi total gusto y desde cero.

Lo que quiero hacer es que cada modulo este en carpetas independientes, como el phpnuke o algo asi.

Mi siguiente duda es como hacerle para que cuando le den click a un enlace no aparesca el:

sitio.com/index.php?seccion=descarga

Como hago para que solo aparezca:

sitio.com/?secciones=decarga

Hay algun otro post donde pueda asesorarme en programacion modular?