Hola:
Puedes pasar las variables php cuando cargas la página, ya sea en variables definidas en scripts o en formularios ta sea en campos normales, ocultos, textareas...
<script type="text/javascript">
var php = "<?= $x; ?>";
... ó...
<form>
<input type="hidden" name="php" value="<?= $x; ?>" />
...
Saludos
