Hola
El .htaccess se debe colocar en cada carpeta en la que quieras hacer modificaciones. Dependiendo de lo que quieras hacer, puedes usar un .htaccess en la raíz del sitio y co ese basta.
Para hacer redireccioes, puedes usar, por ejemplo, una sintaxis como esta:
RedirectMatch 301 /ruta_vieja/.*
http://www.tu_sitio.com/ruta_nueva/
Felicidad