con que respecta a capas:
Primero le este artículo. Es bastante sencillo pero a veces no comprenderlo es lo que provoca los grandes problemas.
El modelo de Cajas
e inmediatamente dsepués practica con este otro
diseñar una página con código semántico
creeme te ayudara bastanta para entender como trabajan las capas con css.
Saludos