Ya se que esta solución no tiene nada que ver con el Apache en si, pero si con el PHP.
Si tienes acceso al index.php, puedes al principio del archivo hacer lo siguiente.
Código PHP:
<?php
$activa = 1; // Donde 1 es activa y 0 es desactivada.
if ($activa != 1) {
// Este texto puede ser otro codigo de página web.
echo "La página esta actualmente desabilitada por mantenimiento.
<br>Disculpen las molestias.";
//
} else {
... resto del codigo de la página normal
...
...
}
?>
Pd.: También puedes hacerle con bases de datos para modificar si esta activa o desactiva desde una página aparte, pero eso ya es personal de cada uno, yo en las mias puedo activar y desactivar la página desde un panel de administración echo por mi.