prueba el sorenson squeeze (no se si lo escribi bien), es lo mejorcito que hay para comprimir cualquier tipo de video.
El sistema swf o flash es que mas se utiliza, ocupa menos y va bastante rapido al reproducirse (fijate en youtube, por ejemplo).
He llegado a comprimir videos de 300 megas a 4 megas con bastante buena calidad, te pongo
esta pagina donde subi algunos.